Q自分のステージのDebutホロメンの〈宝鐘マリン〉をhBP02-032〈宝鐘マリン〉にBloomさせました。このとき、ブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」を使用しませんでした。その後、同ターン中にhBP06-090〈ブルームステージ〉を使用して、hBP02-032〈宝鐘マリン〉をもう一度hBP02-032〈宝鐘マリン〉にBloomさせました。この2度目のBloomで、ブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」を使用することはできますか？

Aいいえ、使用できません。
ブルームエフェクトはすべて強制発揮のため、すでに1度目のBloomで、ブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」を使用している扱いとなります。
そのため『自分のブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」はターンに1回しか使えない。』が有効となっており、同じターンの間、ブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」は使用できません。

Q自分のアーカイブにhBP02-032〈宝鐘マリン〉のみがある時、hBP05-067〈不知火フレア〉のギフト「カラフルストリーム」の能力で、エール２枚をhBP02-033〈宝鐘マリン〉に付け替えました。
この場合、アーカイブにあるhBP02-032〈宝鐘マリン〉を手札に加えなければなりませんか？

Aはい、必ず加えます。

QhBP02-032〈宝鐘マリン〉の《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」の、「自分のブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」はターンに1回しか使えない。」とは、[ターンに1回]とどう違うのですか？

A[ターンに1回]とは、その能力ごとにターンに1回しか使えないという意味ですが、《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」はこの名称の《ブルームエフェクト》自体がターンに1回しか使えないという意味になります。
例としてhBP02-032〈宝鐘マリン〉が既に《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」を使った状態でステージにいるときに、再度hBP02-032〈宝鐘マリン〉にBloomしても、《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」は発揮しません。