QhBP01-008〈こぼ・かなえる〉の推しSPスキル「雨乞い」はアーカイブにエールがなくても使用することはできますか？

Aはい、使用できます。
ホロメンや推しホロメンの能力は、指定されたカードを選ぶことができなくても使用することができます。

Q自分の#IDを持つホロメンが複数いる状態でhBP01-008〈こぼ・かなえる〉のSP推しスキル「雨乞い」の能力を使用する場合、1人のホロメンに対してだけ、複数のエールを送ることはできますか？

Aはい、できます。
複数のホロメンがいる場合でも、1人のホロメンのみにエールを送ることができます。