Q自分のアーカイブにhBP02-032〈宝鐘マリン〉のみがある時、hBP05-067〈不知火フレア〉のギフト「カラフルストリーム」の能力で、エール２枚をhBP02-033〈宝鐘マリン〉に付け替えました。
この場合、アーカイブにあるhBP02-032〈宝鐘マリン〉を手札に加えなければなりませんか？

Aはい、必ず加えます。

QhBP02-032〈宝鐘マリン〉の《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」の、「自分のブルームエフェクト「宝鐘の海賊団」はターンに1回しか使えない。」とは、[ターンに1回]とどう違うのですか？

A[ターンに1回]とは、その能力ごとにターンに1回しか使えないという意味ですが、《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」はこの名称の《ブルームエフェクト》自体がターンに1回しか使えないという意味になります。
例としてhBP02-032〈宝鐘マリン〉が既に《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」を使った状態でステージにいるときに、再度hBP02-032〈宝鐘マリン〉にBloomしても、《ブルームエフェクト》「宝鐘の海賊団」は発揮しません。